| 国家级 |
| 近海海洋环境科学国家重点实验室 |
| 福建台湾海峡海洋生态系统国家野外科学观测研究站 |
| 省部级 |
| 滨海湿地生态系统教育部重点实验室 |
| 福建省海陆界面生态环境重点实验室 |
| 福建省滨海湿地保护与生态恢复工程技术研究中心 |
| 福建省水环境健康与安全协同创新中心 |
| 福建省海岸带污染防控重点实验室 |
| 福建海洋可持续发展研究院 |
| 校级 |
| 厦门大学环境科学研究中心 |
| 厦门大学海洋与海岸带发展研究院 |
| 厦门大学生态文明研究院 |
| 厦门大学国际可持续性科学研究院 |
| 校企共建 |
| 共建厦门大学911制片厂合租的女友工程技术中心 |
| 广西北部湾经济区海洋人才飞地 |
| 厦门大学911制片厂合租的女友-中国建筑第四工程局有限公司、中建四局建设发展有限公司-联合工程技术中心 |
| 厦门大学911制片厂合租的女友--云南省马关县人民政府“农业产业合作发展中心” |
| 厦门大学911制片厂合租的女友-新港热能工程（漳州）有限公司研发中心 |